Quand son bateau accoste le 19 avril 1620 au large de Bungo au japon, seuls neuf des 24 membres restants de l'équipage sont en état de se lever. Les prêtres jésuites portugais présents au Japon prétendent alors que le navire d'Adams est un vaisseau pirate, et que l'équipage doit à ce titre être crucifié. Le navire est saisi, et l'équipage malade est emprisonné au château d’Osaka sur ordre de Ieyasu Tokugawa, daimyo de Mikaxa et qui deviendra shogun en 1603.
Adams rencontre Ieyasu à Osaka trois fois entre mai et juin 1600. La connaissance d'Adams en navires et construction navale, et sa notion nautique des mathématiques plaisent à Ieyasu.
Le Shogun prend Adams en affection, et fait de lui un diplomate et conseiller commercial révéré et lui accorde de grands privilèges. Pour finir, Adams devient son conseiller personnel pour les choses concernant l'occident, et après quelques années il remplace le Jésuite Joao Rodrigues en tant qu'interprète officiel. Le Padre Valentim Carvalho note: « Après qu'il ait appris la langue, il eut accès à Ieyasu et put entrer dans le palais quand il le voulut. ». Il le décrit aussi comme « un grand ingénieur et mathématicien. »
Adams a une femme et des enfants en Angleterre, mais Ieyasu lui interdit de quitter le Japon. Il lui est donné deux sabres représentant le titre de Samouraï. Le shogun décrète que William Adams le navigateur est mort et que Miura Anjin le samouraï est né. Cela fait de la femme d'Adams une veuve, et "libère" Adams pour lui permettre de le servir de manière permanente. Adams reçoit aussi le titre de hatamoto, porte-étendard, une position de prestige en tant que vassal direct à la cour du Shogun. Il reçoit aussi d'importants revenus, ainsi qu'un fief de 250 koku, à Hemi qui est aujourd'hui à l'interieur des limites de la ville de Yokosuka. Le domaine d'Adams est situé près du port d'Uraga, le point d'entrée traditionnel dans la baie d'Edo, ou il est signalé pour avoir fait du commerce avec des navires étrangers.
La position d'Adams lui permet d'épouser Oyuki, la fille de Kegeyu Magome, un noble samouraï et personnage officiel du château d'Edo. Anjin et Oyuki auront un fils, Joseph, et une fille, Susanna. L'ancien navigateur, cependant, a du mal à rester en place et se retrouve constamment sur la route. Au début, c'est dans une vaine tentative pour organiser une nouvelle expédition à la recherche du passage arctique qu'il avait précédemment raté.
Après de nombreuses expéditions et aventures, Adams meurt à Hirado, au nord de Nagasaki, le 16 mai 1620, à près de 56 ans. Son titre japonais se lit Anjin Sama (Maître pilote) et sa mémoire est gardée vivante par la rue nommée Anjin Cho (rue du Pilote) à Edo (aujourd'hui Tōkyō) et une célébration annuelle le 15 juin en son honneur. A sa mort, William Adams laisse deux veuves, Mary, en Angleterre, et Oyuki, au Japon. Il laisse également quatre enfants : Deliverance, sa fille aînée née de Mary et à qui il lègue la majeure partie de son héritage en argent, Joseph et Susanna,les enfants d'Oyuki, ainsi qu'un enfant illégitime qu'il avait eue d'une servante à Hirado. De ce dernier enfant, il n'est fait nulle mention dans son testament.
Un village de son ancien fief, Anjinzuka « Colline funéraire du Pilote», à l'intérieur de l'actuelle Yokozuna, porte son nom. De plus, dans la ville d'Ito, à Shizuoka, se tient chaque année le 10 août le festival du Miura Anjin. Aujourd'hui, Itō et Yokosuka sont toutes les deux jumelées avec Gillingham, la ville natale d'Adams. La vie de William Adams a plus que largement inspirée le livre et la série TV Shogun.
