Il combattit en duel et tua pour la première fois à 13 ans (contre Arima Kihei en 1596). Âgé de 17 ans, il participa à la bataille de Sekigahara (1600) qui vit la victoire de l'armée de Ieyasu Tokugawa suite à la mort de Hideyoshi Toyotomi. Engagé dans le camp des perdants, il fut laissé pour mort sur le champ de bataille. Jusqu'à l'âge de 29 ans, il participa à une soixantaine de duels, la plupart avec un sabre en bois (bokken) alors que ses adversaires avaient de vrais sabres (katana). Son dernier duel (le plus fameux) eut lieu le 13 avril 1612 contre l'autre plus grand escrimeur du Japon, Kojiro Sasaki, qu'il vainquit sur l'île de Funa grâce à un long bokken, taillé dans une rame du bateau qui l'y amenait. Il arrêta ensuite les duels puis fut chargé du commandement d'un corps d'armée du seigneur Ogasawara et participa au siège du château de Hara en1638, lors de la révolte des chrétiens menés par Shiro Amakusa. À l'âge de 59 ans (1643) il part pour le mont Iwato, situé près de Kumamoto, où il s'installe dans la grotte de Regandô. Il y dispose une table basse, et le 10 du dixième mois commence à rédiger son livre de stratégie, Gorin no sho.
Il créa une école d'escrime (ryū) nommée tout d'abord École des deux sabres (Niken ryū), puis École des deux cieux (Niten ryū), mais ayant un style hors du commun (utilisation simultanée de deux sabres, l'un court, l'autre long) et peu d'audience auprès de l'empereur, son style ne perdura pas.
La vie de Musashi a fait l'objet d'un cycle de deux romans, écrits par Eiji Yoshikawa, La pierre et le sabre et La parfaite lumière. Cependant, si certains faits historiques et traits marquants sont conservés, la plus grosse partie est inventée.
