Le terme shogun signifie « général ». Néanmoins, il devint un titre héréditaire indiquant le dirigeant de facto du Japon en tant que dictateur militaire, alors même que l'empereur restait le gardien des traditions.
La plus grande dynastie de shoguns fut celle des Tokugawa. Ces derniers dirigèrent le Japon de 1603 à 1867. Le premier shogun de la dynastie fut Tokugawa Ieyasu, le dernier fut Tokugawa Yoshinobu (que vous pouvez admirer en photo ci-contre). Leur règne est plus connu sous le nom de pèriode Edo, du nom de la ville qu'ils choisirent pour capitale : Edo (aujourd'hui Tokyo) afin de s'éloigner de Kyoto, la capitale impériale.
Après la période Sengoku « Nations en guerre », le gouvernement central avait été largement rétabli par Oda Nobunaga et Toyotomi Hideyoshi pendant la période Azuchi-Momoyama. Après la bataille de Sekigahara en 1600, l'autorité centrale tomba au profit de Tokugawa Ieyasu qui compléta le processus et reçut le titre de shogun en 1603. Ses descendants héritèrent du titre de shogun et de la charge qui l'accompagnait jusqu'au XIXe siècle.
La période Tokugawa, à la différence des familles de shogun précédentes, était fondée sur la stricte hiérarchie des classes originellement établie par Toyotomi Hideyoshi. La classe guerrière des samouraïs était au sommet, suivie des fermiers, des artisans et des commerçants. L'ironie voulut que l'extrême rigueur du système de caste finit à long terme par miner l'autorité de ces classes. Les taxes sur la paysannerie étaient constituées de montants fixes qui ne tenaient pas compte de l'inflation ou de tout autre changement de la valeur monétaire. Le résultat fut que le revenu des taxes collectées par les samouraïs propriétaires terriens devint de plus en plus maigre avec le temps. Cela conduisit à de nombreuses confrontations entre les nobles mais appauvrit les samouraïs et les paysans aisés.
Malgré l'établissement du shôgunat, l'empereur à Kyôto était toujours le chef légitime du Japon. L'administration du Japon (taisei) était une tâche confiée à la famille Tokugawa par la Cour impériale de Kyôto, qui fut rendue à la Cour lors de la Restauration Meiji.
Le shôgunat nomma un agent de liaison, le Kyôto Shoshidai, pour traiter avec l'empereur, la Cour et la noblesse.
Vers la fin du XIXe siècle, l’empereur en titre, soutenu par une alliance des plus puissants daimyo finit par faire chuter le règne des shogun et récupérer le pouvoir après la guerre du Boshin. Les Shôguns de Tokugawa s'éteignirent définitivement en 1868, avec l'abdication du 15e shôgun, Tokugawa Yoshinobu et la « Restauration de la loi impériale.
